5. Eleizan egindako aldaketak -»Visitas» liburutik, 1696, jakin dezakegunez- askoz ere lehenago erabaki zituzten.
Zimentuak ordurako orain dagoen bezala pentsaturik bota zituzten, hori proiektuak alderatzen badira nabari agertzen da eta garbi ikusten da diagono-kapilei begira osoro antzekoak direlako (39). Lehen planuan ideatutako zutabe dupleak baztertu zirenean, zutarriak monumentuaren erdi aldera haunditu egin ziren, inbelpe dupleak ez jarria konpentsatzeko.
Aldaketa horiek egin ahal izatea, lehen begiratuan, harrigarria ematen du; izan ere, ez Erroman Lagundiko Jeneralak bakarrik, baina bai eta A.Gregorio Sarmiento Probintzialak ere 1689an zera agindu bait zuten zorrotz, Erromatik bidalitako proiektua aldarik batere gabe egin behar zela(40). Horixe bera agintzen da 1692an (41), baina orain ez zer-nola batzuk gabe: garrantziko aldaketek A. Probintzialaren baimena exijitzen zuten,eta arkitektu zaintzaileen iritziarekin batera lortuko ziren. Bestalde, kapilen arteko pasua zabaltzeko erabakia 1695an bakarrik hartu zen, eta,1696an, A. Francisco de Alençón Probintzialaren bisitan, zera esaten da, hain ondatua zegoen kartoiezko eredua, konpontzeko agindu zela; eta gainera beste hau, proiektuen kopia bat ateratzeko Maisuak egunero erabil zitzan (42).
Hala ere, zimentuak gaur eraikia dagoen bezalako eleizarako sartu izateak, problema hau planteatzen du, ze planu zen Busiri-Vizi-ren kolekzioko kopiak ekartzen duena? Hau al zen Carlos de Noyelle Lagundiko Jeneralak aprobatutako eskema, edo aurkeztuetako anteproiektu bat besterikez zen, hau da, egindako proiektuaz gainera beste aukera bat? Zimentuak esentzial oraingo eleizaren eskemaren arauera jarri izateak, azkeneko aukera hau baieztuko luke. Baina, zera eduki beharda kontuan, proiektua bidali zenetik zimentuak sartu arte urte batzuk igaro zirela. Carlos de Noyelle, planua aprobatu zuena, ia hiru urte lehenago hil zen, eta dokumentu eta monumentuaren historiatik zera atera daiteke garbi, gauzak alda zitezkeela eta egiaz aldatu egin zirela.
Beraz, ez da alboratu behar, Busiri-Vici-ren kolekzioko planua hasieran aprobatutako proiektuaren kopia bat denik. Eta horixe gertatzen dela atera daiteke segura asko, Erromatik bidalitako eleizaren planuak eta Bolanduen planu grabatuak elkarren artean duten funtsezko antzatik (30 eta 31.lam.). Analojia estua ikusten da ere zeharreko ardatz ertzetako kapilen, egiteko orduan oraingo absidekerako zisku bihurtu zirenen, artean (33a lam.).
Hori horrela emanik, kuestio hau gelditzen da, ea gutxienez Lagundiko buruek edo Espainako arkitektuek Fontanaren oniritzia eduki al zuten aldaketak egin baino lehen. Zoritxarrez, ez dugu hori jakiteko biderik. Barnean zutabeen lekuan zutarriak jartzeko bezalako erbakiak badu bere aurreko bat Erromako Maria dei Miracoli Santuan; aldaketa hori Carlo Fontanari egotzi dakiokeela ematen du. Alabaina, Loiolako aldakuntza sakonagoa da, inbelpeak ez bai dituzte akoplatu Maria dei Miracoli Santuan bezala, baina banakako zutarri lerro bihurtu dituzte. Baitere, zirku-transituko kapilen aldakuntzak Fontanaren planuen rebisio sakona supositzen duela ematen du.Eta kapila baten antzeko planuarekin konparatu badaiteke ere (43), aldatzeko pauso hori LoiolakoAita Jesuitek eman zutela dirudi, antza denez, obrako gastuak gutxitu beharrean aurkitu bait ziren, eta gero gainera jirola zabaldu egin nahi zuten, eta guzi horiei buruz, erdileku haundiko bobeden kuestioaz eta arkuen konstrakzioaz Churrigerak asesoratu zien.